Comme de nombreux pays de l'arc sahélien, le Niger doit faire face à une augmentation de la violence. Les affrontements entre le Mouvement des Nigériens pour la justice (MNJ) et l'armée nigérienne se sont multipliés depuis 2007 dans le nord du pays, instaurant un fort climat d'insécurité et occasionnant des déplacements de population. La présence de mines et de coupeurs de route ne fait qu'aggraver cette situation.

À la demande de toutes les parties impliquées, le CICR agit en tant qu'intermédiaire neutre et tente d'apporter, lorsque les conditions de sécurité le permettent, des solutions aux problèmes humanitaires relevant de son mandat. L'organisation a notamment :

• soigné, à la demande du MNJ, des soldats et gendarmes blessés qui avaient été fait prisonniers ;
• évacué ceux dont l'état nécessitait une hospitalisation ;
• visité les personnes détenues, autant celles aux mains du gouvernement que celles retenues par le MNJ;
• conduit trois ateliers de chirurgie de guerre à Agadez, Arlit et Niamey.

Suite au regain de tension au Niger et au Mali, le CICR a mis en place une mission Sahel rattachée à la délégation de Dakar au Sénégal. Trois expatriés et une vingtaine de collaborateurs nationaux développent les activités traditionnelles de protection et d'assistance du CICR dans ces deux pays.
Ils sont répartis dans quatre bureaux – deux à Bamako et à Gao, au Mali, deux autres au Niger, à Niamey et à Agadez.