Le CICR maintient une forte présence opérationnelle en Afrique, avec des activités axées sur la protection et l’assistance des personnes touchées par des conflits armés et d’autres formes de violence. Il s’attache aussi à promouvoir une plus grande reconnaissance et une application plus vaste du droit international humanitaire à travers le continent.

Les opérations du CICR en République démocratique du Congo (RDC), en Somalie et au Soudan figurent parmi les plus grandes opérations du CICR dans le monde. En dépit des initiatives internationales de paix, la situation demeure précaire dans les Kivus et la province Orientale en RDC, dans la région du Darfour occidental au Soudan ainsi que dans le sud du pays, et dans le centre et le sud de la Somalie (morts et blessés en nombre, notamment parmi les civils, déplacements importants de populations et difficultés économiques).

En République centrafricaine, le CICR intensifie ses efforts pour répondre aux besoins des personnes touchées par le conflit dans le nord du pays. Au Tchad oriental, en proie à une insécurité chronique et à des violences localisées, le CICR continue d'assister les déplacés, les blessés et les détenus ainsi que les personnes les plus vulnérables parmi les populations locales. Dans les régions du nord du Niger, du Mali et du Nigeria, le CICR, en étroite collaboration avec les Sociétés nationales de la Croix-Rouge dans ces pays, assiste les populations déplacées par les affrontements sporadiques qui opposent forces gouvernementales et différents groupes armés.

En Éthiopie, le CICR a considérablement réduit ses activités, à la suite de son expulsion en 2007 du Somali Regional State par le gouvernement. Dans des situations telles que celles de la Côte d'Ivoire, de l’Érythrée, de l’Ouganda et du Libéria, où les personnes déplacées commencent à rentrer chez elles, le CICR a réduit son assistance d’urgence et aide les communautés à recouvrer leurs moyens de subsistance et à reconstruire leurs infrastructures – notamment dans les domaines de l'eau et de la santé.

Partout ailleurs, le CICR continue d’adapter sa structure et ses opérations, les réduisant le cas échéant dans les contextes de post-conflits comme en Angola, en Sierra Leone et en République du Congo.

Le budget initial du CICR pour l'Afrique en 2009 s’élève à 400 millions de francs suisses.