МККК начал работу в Гвинее-Биссау в 1998 году. Изначально организация предпринимала все возможные усилия для обеспечения потребностей тех, кто пострадал в результате гражданской войны в стране, уделяя приоритетное внимание оказанию помощи мирным гражданам, посещению лиц, лишенных свободы, и восстановлению семейных связей между разлученными членами семей.

Сегодня МККК продолжает посещать заключенных и занимается распространением знаний о международном гуманитарном праве среди представителей политической власти и вооруженных сил в Гвинее-Биссау.

На севере страны МККК оказывает помощь местным жителям и беженцам из Касаманса – одного из районов Сенегала, пострадавшего от вооруженного насилия. В рамках этой работы МККК помогает мирным гражданам в получении доступа к питьевой воде и улучшении санитарных условий, а также содействует возобновлению ряда местных экономических инициатив.

МККК работает в сотрудничестве с Национальным обществом Красного Креста Гвинеи-Биссау, помогая этой организации повысить ее способность к оперативному реагированию в условиях чрезвычайных ситуаций, а также осуществлять программы в области восстановления семейных связей и подготовки сотрудников служб первой помощи.