МККК начал работать в Индонезии в 1979 году. МККК и Национальное общество Красного Креста Индонезии были одними из первых, кто пришел на помощь пострадавшим в результате цунами в 2004 году. Однако в настоящее время МККК вернулся к своей более традиционной деятельности, связанной с вооруженным конфликтом и cитуацией, сложившейся в стране после его окончания.

Вооруженный конфликт в провинции Ачех повлек за собой тяжелые гуманитарные последствия для населения и привел к потере людьми средств к существованию и разрушению медицинских учреждений, объектов системы водоснабжения и санитарно-гигиенических сооружений. Вслед за подписанием весной 2005 года Меморандума о взаимопонимании между Правительством Индонезии и Движением за свободу Ачеха, МККК начал осуществление программ помощи местным жителям и тем, кто вернулся в свои дома. МККК занимается реконструкцией колодцев и туалетов, помогает людям заново отстроить разрушенные дома, предоставляет фермерам сельскохозяйственные орудия, семена и удобрения, поддерживает учреждения здравоохранения и занимается восстановлением транспортной инфраструктуры.

МККК продолжает посещать заключенных в связи с конфликтом, а также осуществляет программы информирования военнослужащих, сотрудников полиции и представителей академических кругов о нормах и принципах международного гуманитарного права.

Персонал (2009): 105 сотрудников, в числе которых 17 иностранцев