Со времени обретения Мали независимости в 1960 году в северной части страны регулярно происходят ожесточенные столкновения между вооруженными силами страны и повстанцами-туарегами. В связи с последними столкновениями в 2007-2008 годах МККК:

• в сотрудничестве с Красным Крестом Мали оказал помощь почти 600 перемещенным семьям и 300 наименее обеспеченным переселенцам в окрестностях Тинзауатене на границе с Алжиром;
• действуя в качестве нейтрального посредника, организовал перевозку тяжело раненых в больницы;
• посетил военнослужащих и сотрудников полиции, удерживаемых повстанцами-туарегами.

В связи с ростом напряженности в Мали и Нигере, МККК открыл представительство в Сахеле. Его деятельность координирует делегация МККК в Дакаре (Сенегал). Задача трех иностранных и двадцати местных сотрудников, работающих в офисах МККК в Бамако (Мали) и Ньямей и Агаде (Нигер) заключается в развитии программ помощи МККК и осуществлении проектов по обеспечению защиты граждан в обеих странах.

МККК непрерывно работает в Мали со времени государственного переворота, который произошел 26 марта 1991 года.